Le origini di Kabuto sono quasi totalmente sconosciute, ma il suo passato a Konoha viene spiegato da Anko Mitarashi durante gli scontri preliminari alla terza fase dell'esame Chunin. Kabuto era stato cresciuto dal capo medico dell'unità medica di Konoha, trovato dopo la battaglia contro la Volpe a nove code lui era l'unico sopravvissuto alla battaglia, trovato disteso con i corpi dei nemici tutt'intorno a lui.
Ad un certo punto fu reclutato dal membro dell'organizzazione Alba Sasori e mandato a spiare Orochimaru. Orochimaru lo liberò dall'ipnosi di Sasori, e gli mostrò (da come dice Kabuto) il suo "meraviglioso modo di pensare". Kabuto da quel momento diventò il medico personale, l'assistente e il braccio destro di Orochimaru. Il principale motivo è l'abilità di Kabuto di riattivare le cellule morte e generarne di nuove, e anche probabilmente per la sua dettagliata conoscenza della fisiologia umana.
Orochimaru voleva che Kabuto recitasse il ruolo di ninja senza talento del villaggio di Konoha per ottenere informazioni sia sui genin di Konoha sia su quelli degli altri villaggi nascosti. Per fare ciò Kabuto continuò a fallire volontariamente l'Esame di Selezione dei Chunin per un totale di sette volte, registrando le informazioni che otteneva in un set di carte criptate col chakra.
Nonostane sia ufficialmente classificato come Genin, diversi ninja (inclusi Jiraiya e Orochimaru) lo reputano al livello di Kakashi Hatake in battaglia. Le sua abilità consistono nell'usare tecniche mediche come tecniche offensive, permettendogli di uccidere l'avversario con un solo colpo se necessario, come fa con l'intera squadra ANBU che Kakashi aveva posto a guardia di Sasuke. Durante il combattimento con Tsunade, quest'ultima afferma che le abilità di Kabuto sorpassano anche le sue.
La sua personalità è misteriosa tanto quanto lo sono le sue origini. Può andare da ragazzo educato dal cuore puro a maniaco sadico in pochi secondi. Lui inoltre si diverte a giocare con i suoi nemici spesso innervosendoli indicando le loro debolezze e mettendoli di fronte alle proprie paure, come schizzare sangue addosso a Tsunade per risvegliare la sua emofobia.
Dopo i due anni e mezzo dell'allenamento di Naruto, Kabuto è sempre il medico personale di Orochimaru, ma questi viene ucciso da Sasuke e Kabuto ha avuto l'onore di poterlo rivedere grazie allo Sharingan di Sasuke. Kabuto successivamente si impianta l'occhio del suo vecchio padrone, che tenta di possedere il corpo del ragazzo, quasi come un cancro. Non è stato chiarito quale sia la natura di questa "infezione", e se possa essere una sorta di reincarnazione di Orochimaru.
Nonostante il suo passato come spia di Alba, Kabuto è talmente leale nei confronti di Orochimaru che si dichiara convertito al "meraviglioso modo di vedere le cose" di Orochimaru. Nonostante la sua lealtà spesso tende ad agire contro gli scopi di Orochimaru, come quando dà informazioni riguardo al covo di Orochimaru o quando cerca di uccidere Sasuke invece di rapirlo.
A causa della sua complessa natura e tendenza a fare cose buone, Kabuto è uno dei personaggi più misteriosi della serie. Per esempio, guarisce Hinata dalle ferite riportate durante la fase preliminare della terza fase dell'esame Chunin. Inoltre guarisce Sakura dopo che è stata ferita da Naruto nello stato della volpe a quattro code. Sembra che ci sia un ulteriore motivo che Orochimaru sembra capire ma di cui non sembra importarsene. Infatti, Orochimaru non sembra nemmeno considerare l'idea di un possibile tradimento di Kabuto. Mentre questo ulteriore motivo non ci è spiegato, Kabuto afferma, quando cerca di curare Sakura che il vero nemico è Alba. Quando Tsunade stava per uccidere Orochimaru invece di curargli le braccia e fu interrotta da Kabuto, Orochimaru non chiese alcuna spiegazione per quell'azione a Kabuto ma girò la domanda a Tsunade.
La lealtà di Kabuto nei confronti di Orochimaru è talmente forte, che quando questi viene ucciso ad opera di Sasuke, Kabuto si fonde col suo corpo pur di rimanere sempre con colui che ha saputo donargli una casa e una identità, per ritrovare finalmente il vero io. Orochimaru e i suoi pensieri sarebbero rimasti incollati a lui, e a detta sua, avrebbero dovuto rappresentare un baluardo da superare per diventare unico.
